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Le Musée occupe le premier étage du bâtiment de l'Hôtel-Dieu, ancien hôpital de la ville, bâti en 1761-1765. La Pharmacie est un des derniers vestiges du bâtiment; avec ses 241 pots et ses tiroirs en marqueterie, elle est l'une des plus belles de Suisse. Dans l'exposition permanente se trouvent encore : le Trésor de l'église St-Pierre, deux salles consacrées à l'horlogerie, un cabinet des estampes, un espace voué à la photographie et à l'imprimerie (affiches), un autre évoquant le séjour des princes-évêques au château de Porrentruy.